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Major Motoko Kusanagi soll innerhalb einer Task Force im Auftrag von Daisuke Aramaki - Chef der Öffentlichen Sicherheit - Hacker-Angriffen nachgehen, die offenbar von Colonel Kazuya Sogas Team initiiert werden. Diese Spezial-Crew muss sich Motoko Kusanagi allerdings erst zusammenstellen. Soga steht zeitgleich vor dem Obersten Gerichtshof und soll sich für abscheuliche Kriegsverbrechen rechtfertigen, die er jedoch abstreitet. Kann Motoko Kusanagi die Wahrheit ans Licht bringen?