Der Filmemacher Curtis Peck, einer der 4400, ist verschwunden. In seinen Filmen verbreitete er Verschwörungstheorien zu ungelösten Fällen wie dem Mord an John F. Kennedy. Tom und Diana entdecken in Pecks verlassener Wohnung eines seiner letzten Videos, in dem er ankündigt, dass sein neuer Film Enthüllungen bereithält, die so brisant sind, dass sein Leben in Gefahr ist. In "Die Gezeichneten" soll es um Agenten aus der Zukunft gehen, die auf der Welt die Strippen ziehen.

Tom hat herausgefunden, dass sein Sohn Kyle Promicin genommen hat und macht sich auf die Suche nach ihm. Kyle folgt indes Cassies Instruktionen und verschwindet mit Isabelle in den Wald. Dort trifft er auf Jordan Collier, der mit seinen Anhängern in einer Kolonie lebt. Jordan wiederum glaubt, in Kyle seinen Führer gefunden zu haben. Maia hat indes verstörende Träume, in denen alle Promicin-Postiven in Lager gebracht werden.

Dianas Schwester April hat Promicin genommen und damit die Fähigkeit entwickelt, Menschen dazu zu bringen, ihr die Wahrheit zu sagen. Gemeinsam mit ihrem Geliebten Colin entlockt sie Fremden deren Geheimnisse - kein ungefährliches Unterfangen ... Senator Lenhoff sucht Shawn auf: Er will, dass Shawn für den Stadtrat kandidiert und damit gegen Collier antritt.

Audrey Parker, eine einsame, alte Frau, entwickelt mit Hilfe von Promicin die Fähigkeit, ihren Körper zu verlassen. Diese Fähigkeit ermöglicht es ihr, andere Menschen zu beobachten. Als sie ermordet wird, schafft sie es dennoch aufgrund der Projektion durch elektrische Geräte, mit Tom und Diana zu kommunizieren. Sie versucht so, ihren Mörder zu überführen.

Tom und Diana sind weiterhin verzweifelt auf der Suche nach einem Promicin-Positiven, der die Fähigkeit hat, die schlimmsten Ängste der Menschen wahr werden zu lassen. Indes wendet sich Danny an Shawn, weil er Promizin nehmen will. Kyles geheimnisvolle neue Freundin Cassie führt ihn zu einem Buch, das eine mysteriöse Prophezeiung über Jordan Collier enthält. Ein Teil des Buches ist außerdem mit einem seltsamen Code verschlüsselt ...

Tom und Diana sind weiterhin verzweifelt auf der Suche nach einem Promicin-Positiven, der die Fähigkeit hat, die schlimmsten Ängste der Menschen wahr werden zu lassen. Indes wendet sich Danny an Shawn, weil er Promizin nehmen will. Kyles geheimnisvolle neue Freundin Cassie führt ihn zu einem Buch, das eine mysteriöse Prophezeiung über Jordan Collier enthält. Ein Teil des Buches ist außerdem mit einem seltsamen Code verschlüsselt ...

Durch Promicin haben etliche Menschen erstaunliche Fähigkeiten entwickelt, jedoch sind auch Tausende verstorben. Jordan Collier, der für die Verbreitung der tückischen Droge verantwortlich ist, die auch die geheimnisvollen Kräfte der 4400 Rückkehrer bewirkt hat, hadert mit seinem Gewissen. Indes muss sich das Heimatschutzministerium mit einem Schüler auseinandersetzen, der - dank Promicin - wie ein Gott angebetet wird.

Tom leidet unter Albträumen und Halluzinationen. Offenbar erlangt er nach und nach die Fähigkeiten eines Gezeichneten. Richard verbringt nicht nur Zeit mit seiner Tochter Isabelle, die sich von einer jungen Frau wieder in ein kleines Mädchen zurückentwickelt hat. Auch seine verstorbene Frau Lily taucht wieder auf. Und Shawn arbeitet mit Kevin an einem Test, mit dessen Hilfe bestimmt werden kann, ob eine Promicin-Spritze für jemanden tödlich ist oder nicht.

In einem geheimen Haus nimmt Devon mit Shawn und Jordan ein Video auf, in dem den Leuten Promizin angeboten wird. Devon verabreicht sich dabei das Promizin selbst. Bei NTAC ist man sehr beunruhigt darüber und durchsucht daraufhin das 4400-Zentrum. Tom und Diana versuchen, Shawn zu überzeugen, das Versteck des Promizins preiszugeben - der zeigt sich jedoch nicht kooperativ ...

Jordan Collier gibt ein Fernsehinterview, um der Welt zu erzählen, was er von der Zukunft gesehen hat - die menschliche Rasse ist im Begriff auszusterben. Eine privilegierte Gruppe hat sich in die letzte existierende Stadt verschanzt und hortet dort die noch übriggebliebenen Ressourcen, während der Rest der Menschen um Leben und Tod kämpft. Jordan fordert alle 4400 und Nicht-4400 auf, zusammenzuarbeiten.

Der verschwundene Jordan Collier taucht verwirrt bei Shawns und Isabelles Hochzeit auf und verschwindet kurz darauf wieder. Tom macht sich sofort auf die Suche nach ihm, da Jordan der einzige ist, der seinen Sohn wieder aus dem Gefängnis holen kann. Nach Maias Aussage, dass sie vorbestimmt ist Ben zu heiraten, überdenkt dieser seine Beziehung zu Dianas Schwester April ...