In Bellefleur, Oregon, ist ein außerirdisches Raumschiff abgestürzt, was Detective Miles, der den Fall untersucht, entschieden dementiert. Doch Miles' Sohn Billy, der vor sieben Jahren von Aliens entführt worden war, alarmiert Fox Mulder und Dana Scully. Die beiden Agenten finden eindeutige Hinweise darauf, dass in Bellefleur Außerirdische am Werk sind. Während Billy eine schmerzliche Entdeckung machen muss, gerät auch Fox Mulder in die Gewalt der Aliens.