Skinners neuer Vorgesetzter Kersh beauftragt FBI-Agent John Doggett mit der Suche nach dem verschwundenen Fox Mulder. Doggett, der mit allerlei Tricks agiert, gerät schon bald mit Dana Scully aneinander. Schließlich führt sie eine Spur zum Familiengrab der Mulders. Auf dem Grabstein ist der Eintrag "Fox Mulder 1961-2000" zu lesen. Hat Mulder sein Verschwinden inszeniert? Doch dann finden sie Hinweise, dass Mulder von einem Ufo in der Wüste Arizonas entführt wurde.