Wer ist Eva Thorne und was will sie in Eureka? Die Entdeckung eines unterirdischen Atom-Bunkers, der aus einer Zeit stammt, als Eureka und "Global Dynamics" noch gar nicht existierten, mysteriöse Leichen, die Thorne ohne Untersuchung aus dem Weg räumen will, und die spätere Anordnung, den Bunker für immer zu versiegeln, machen Carter, Allison und Henry immer misstrauischer. Carter will Thorne endlich zur Rede stellen, aber er wird mit ihr im Bunker eingesperrt ...