Ichabods Erzfeind steht von den Toten auf und kehrt zurück. Um ihn zu besiegen, bitten Ichabod und Abbie zwei Freunde um Hilfe: die Wissenschaftlerin Temperance Brennan, die auch "die Knochenjägerin" genannt wird, und ihren Partner Seeley Booth. Ichabod und Abbie wollen die uralten Rätsel mit modernster Wissenschaft lösen.